Tarinan mukaan Unicum sai alkunsa Unkaria 1700-luvun lopulla hallinneen keisari Josef II:n sanoista. Hän kärsi kiusallisista vatsavaivoista, joihin keisarin henkilääkäri tohtori Zwack kehitti lääkkeen. Maistettuaan lääkettä, keisari totesi: ”das ist ein Unikum!” (”tämä on ainutlaatuista”). Siitä lähti idea uudelle yrttiliköörille, joka sai nimen Unicum.
Vielä tänäkin päivänä Unicumin omistaa Zwackin perhe ja ainoastaan Unkarissa tuotetta myydään vuositasolla yli 3.5 miljoona litraa.